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新疆大学图书馆的历史可追溯至1924年成立的新疆俄文法政专门学校，建校初期仅有数十册公有图书。1935年，新疆俄文法政专门学校改组成立新疆学院并设立图书室，藏书增至千余册。1939年，著名文学家沈雁冰来新疆学院任教，在杜重远院长的陪同下参观图书室，藏书量已达2675册。1942年，著名学者凃治担任新疆学院教务主任兼图书馆主任。1960年10月1日，在新疆学院等院校的基础上新组建的新疆大学成立，新疆大学图书馆随之正式挂牌，藏书量达28万余册。继原新疆大学与原新疆工学院合并后，2001年5月新疆大学图书馆与原工学院图书馆合并，组成新的新疆大学图书馆。

新疆大学图书馆现由红湖校区图书馆、博达校区图书馆及友好校区图书借阅厅组成，总建筑面积约10万平方米。其中，红湖校区图书馆馆舍2003年投入使用，博达校区图书馆于2022年2月正式开放，友好校区图书借阅厅于2023年3月正式开放。三校区共提供自习座位约8500个，可预约研修间110间，各校区馆舍布局科学，功能齐全，满足师生多样化学习与科研需求。